Gegründet wurde der VSHKG im Jahr 1896. In diesem Jahr veröffentlichte Theodor Herzl sein wegweisendes Werk Der Judenstaat, Friedrich Naumann gründete den „Nationalsozialen Verein“, Gerhart Hauptmann vollendete sein Schauspiel Florian Geyer und Anton Tschechow Die Möwe. Der in Dithmarschen beheimatete Dichter Gustav Frenssen brachte seinen Roman Die Sandgräfin heraus, der verstorbenen Clara Schumann widmete Johannes Brahms seine Vier ernsten Gesänge. Während andere historische und kirchenhistorische Vereine zu diesem Zeitpunkt bereits mehrere Jahrzehnte existierten, entfaltete sich der Impuls zur Gründung eines eigenen Vereins für die lutherische Landeskirche in der preußischen Provinz Schleswig-Holstein erst gegen Ende des Jahrhunderts. Der Verein für Hamburgische Geschichte, an dessen Gründung die Theologen der Hansestadt aktiv beteiligt waren, entstand 1839. Die Gründung der Gesellschaft für niedersächsische Kirchengeschichte fand 1895 statt, in Westfalen folgte die Vereinsgründung im Jahr 1897. In fast allen Landeskirchen des Deutschen Reiches bildeten sich ähnliche regional ausgerichtete Vereine bzw. Vereinigungen, die sich die Erforschung ihrer jeweiligen Kirchen zum Ziel setzten. Die nach 1870 entstandenen historischen Vereine stellen vereinsgeschichtlich die größte Gruppe dar. Diese traten in der Regel von Anfang an mit einem historisch-wissenschaftlichen Anspruch auf.

Die Gründung des VSHKG schloss mit der Bildung des Vorstands an, 50 Männer bildeten die ersten Mitglieder. Im November 1896 wurde mit einem Aufruf die Gründung bekannt gemacht und um weitere Mitglieder geworben. Ein Jahr später, genau am 6. Juli 1897, fand wiederum in der kleinen Aula der Kieler Universität die erste Versammlung des Vereins statt. Bei diesem Treffen wurde u. a. über geplante Veröffentlichungen des Vereins beraten, die von 1897 an in zwei Reihen erschienen. In § 1 der Satzung heißt es: